La partie terminale de l'intestin joue un rôle complexe puisqu'elle doit assurer un contrôle parfait à la fois de retenue (on parle de continence) et d'évacuation des gaz et des matières fécales. Cette double fonction dépend à la fois de mécanismes volontaires imposés par les évènements de la vie sociale et des mécanismes réflexes ou autonomes (continence nocturne par exemple).

Continence et défécation dépendent de deux organes dont les fonctions se complètent. Le rectum est la partie terminale de l'intestin : il constitue une zone de réservoir de 12 centimètres de haut qui s'adapte en se dilatant au fur et à mesure qu'il se remplit (jusqu'à une certaine limite). L'anus ou canal anal est un conduit court (3 centimètres) situé immédiatement en aval du rectum. Il est normalement fermé par deux muscles qui enserrent ce conduit à la façon d'anneaux dont l'un répond à une commande volontaire (sphincter anal externe) et l'autre à des réflexes digestifs non volontaires (sphincter anal interne). L'anus représente donc une barrière ou une résistance à l'évacuation des gaz et des selles. Lorsque l'équilibre entre ces deux organes n'est plus maintenu, il peut apparaître des pertes incontrôlées (on parle d'incontinence fécale qu'il s'agisse de gaz ou de matières) ou, au contraire, des difficultés d'évacuation (on parle de constipation d'évacuation).

L'incontinence fécale survient lorsque les forces de résistance de l'anus sont diminuées ou lorsque les capacités de réservoir du rectum sont dépassées. La première situation est observée lorsque les sphincters de l'anus sont endommagés (traumatisme d'un accouchement ou d'un geste chirurgical) ou lorsque leur commande est inefficace (atteinte de la commande nerveuse) : ce mécanisme est le plus fréquemment observé. La seconde situation est rencontrée quand il existe des anomalies de la paroi du rectum (inflammation, tumeur, chirurgie) ou quand son contenu est excessif (diarrhées, sécrétions, matières dures). Ces données simples en apparence sont encore compliquées par l'association des anomalies entre elles. Ainsi, la réaction du rectum peut elle influencer la fonction de l'anus ou encore des signes d'incontinence décrits par un malade peuvent être en rapport avec plusieurs phénomènes associés. Par exemple, le rectum peut se remplir rapidement ou de façon trop excessive et entraîner un relâchement réflexe prolongé du sphincter anal interne. De ce fait, les fuites de matières observés chez les jeunes enfants d'âge scolaire peuvent être en rapport avec ce "débordement" du réservoir rectal lorsque la défécation régulière est contrariée par un contexte psychologique: on parle d'encoprésie.

Les mécanismes qui permettent la défécation ne sont pas encore parfaitement connus. Quand l'environnement social le permet, l'évacuation du rectum est acquise sous l'effet conjoint d'une pression sur et/ou de la paroi rectale et l'ouverture à la fois réflexe et volontaire du canal anal. Des difficultés d'évacuation peuvent être observées lorsqu'il existe une anomalie du rectum (rétrécissement, hernie, trouble de la sensibilité), de son contenu (selles trop volumineuses ou trop dures), lorsque l'anus ne s'ouvre pas correctement (rétrécissement, contraction inappropriée du sphincter externe, pressions de fermeture trop élevées) ou lorsque des raisons d'ordre psychologique entravent le processus normal.