Les lésions anopérinéales peuvent être isolées et être la première manifestation d'une maladie de Crohn dans 5 à 35 % des cas. Chez 60 % de ces patients se développera une maladie intestinale dans l'année qui suit la découverte. Chez un patient porteur d'une maladie de Crohn le risque d'apparition d'une lésion anopérinéale varie de 15 à 75 % en fonction des séries. Cette atteinte est variable en fonction de la localisation de la maladie intestinale et sera d'autant plus fréquente que la maladie est plus bas située sur le côlon et le rectum. On notera 52 % de lésions anopérinéales en cas d'atteinte colique, alors que les patients porteurs de lésions localisées à l'intestin grêle n'auront ces lésions que dans 14 % des cas.